1、添加复合酶制剂可以补充内源性酶的不足，并刺激内源酶的分泌。成年健康动物自身能分泌足量的淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶等消化酶。但幼年动物或处于高温、寒冷、转群、疾病、断奶等应激状态时，动物分泌酶的能力较弱或易出现消化机能紊乱，内源性消化酶常出现分泌不足。因此在幼年或处于应激状态的动物添加复合酶制剂可补充动物内源性蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等消化酶分泌的不足，保证动物的正常消化，提高饲料消化率，促进生长发育。

2、添加复合酶制剂可提高饲料营养价值，改善饲养效果的主要原因并非是NSP被大量复合酶制剂水解成动物可利用的单糖而提高了饲料的营养价值，而是因为复合酶制剂作用于饲料原料后，首先破坏植物细胞壁的胞间层，植物细胞壁结构被破坏，细胞内容物裸露并释放被包裹的蛋白和淀粉等营养物质，能够与动物内源消化酶接触并被降解，提高了饲料养分的利用率，同时饲料原料中的非淀粉多糖被复合酶制剂降解后吸水能力降低，改变了肠道粘性，减少了食糜粘度增加对养分利用及吸收所带来的负面影响。
3、添加复合酶制剂可以改善动物的健康水平，提高代谢水平。使用复合酶制剂对控制肠道微生物的发酵，增强免疫力，减少胃肠疾病有积极的作用。