工业工艺对很多企业来讲至关重要。这些生产工序通常每年消耗大量的能源，因此生物酶技术在生产工艺的改进方面有着巨大的潜力。人口的增长、更加严厉的环保政策和对循环材料的要求的提高，无疑将导致多数工业污水处理过程中能源消耗的增加。涵盖从食品加工到纺织品生产的制造业有多种方法和工艺可供选择。我们平时用到的工艺通常是各种环境问题的起因，这些工艺可能产生很多化学残渣、难处理的废物附加物和排放包含有机污染物和致病菌的有毒废水。这些工艺也存在很多其他的瑕疵，比如说工艺效率低。在最近的工业发展过程中，很多企业已经转向使用微生物方法运作来杜绝常规方法可能导致的问题。工业美制剂如淀粉酶，过氧化氢酶等。